Mark Pen heeft ruime ervaring op het gebied van beleids- en organisatievraagstukken in verschillende overheidssectoren (bestuur, economie, onderwijs, ruimte, landbouw, zorg, arbeidsmarkt, justitie). Vanuit de onderzoeks- en adviesbureaus waar hij in het verleden werkzaam was, deed hij veelvuldig onderzoek naar de doeltreffendheid en doelmatigheid van overheidshandelen. Hij heeft opdrachten uitgevoerd voor bijna alle ministeries, vele interdepartementale gremia, provincies, gemeenten en intermediaire organisaties.

Momenteel richt hij zich vanuit de NSOB vooral op strategische beleidsvragen, sturingsvraagstukken, beleidsinstrumentering, implementatiestrategieën en prestatiemanagement in het publieke domein. Buiten de NSOB werkt hij – in het verlengde van zijn proefschrift – aan onderzoeksvraagstukken over prestatiemeting van wetenschappelijk onderzoek, kwaliteitsindicatoren, maatschappelijke impact en kennisvalorisatie (o.a. bij de KNAW en het Rathenau Instituut).